Eines der besten one-shot Szenarios für SF-Horror ist
Continuity für Eclipse Phase. Da EP Creative Commons ist, musst du da auch erstmal nichts bezahlen sondern kannst z.B.
hier einfach mal reinschauen. Das auf ein anderes System umzuschreiben sollte möglich sein. Keep it simple. Wenn du Fragen zu dem Szenario hast, kann ich dir gerne weiterhelfen. Ich hab das Ding ein paar Mal geleitet.
Für Cthulhu gibt es z.B. die Szenarios Archimedes 7 (Curse of the Yellow Sign Act III), Heir to Carcosa (Ripples from Carcosa) oder das Ikarus Projekt. In The Killer out of Space für Cthulhu Now/Delta Green geht es um ein abstürzendes Space Shuttle. Im CthulhuTech Quickstarter ist auch ein Szenario drin.
Für Classic Traveller ist das Double Adventure: The Chamax Plague/Horde ganz Horror-tauglich.
3:16 ist klasse, wenn es mehr in die Shoot'em Up Richtung gehen soll. Die Grundprämissen einer Mission (Art des Planeten, Art der Aliens) würfelt man da aus, den Rest an Beschreibungen und Szenen musst du allerdings selbst übernehmen. Die Regeln sind supersimpel.
Speziell für SF-Horror a la Alien gibt es ein paar kostenlose Indies (Geiger Counter, Drop, Signal Lost). Wenn du Erfahrung mit Fiasco o.Ä. hast, würde ich da mal einen Blick reinwerfen. Wie bei 3:16 machst du da halt zusammen mit deiner Gruppe viel selbst.
Wenn du einfach nur Ideen suchst kann ich dir Starship from Hell von Rafael Chandler empfehlen. Eine Sammlung von Zufallstabellen mit denen man ein klassisches verunglücktes Raumschiff erwürfeln kann.
Edit: Umfangreichere SF-Horror Settings/Systeme gibt es natürlich auch noch. Da ist halt die Frage, wie viel dir das bringt. Cthonian Stars für Traveller, Cold&Dark, The Void.