Ich würde grundsätzlich dazu raten, den 3D-Desktop erst mal abzuschalten, wenn er zu solchen Problemen führt. Wenn du dann bei späteren Updates mitkriegst, dass entweder der Grafiktreiber oder Elemente von Compiz erneuert werden, kannst du es immer noch einmal versuchen. Es hat ja keinen Sinn, mit Linux zu arbeiten, wenn es durch sowas instabiler wird als Windows.
Alternativ könntest du auch erst mal alle Features abschalten und sehen, ob er immer noch einfriert, und dann, falls er das nicht tut, eins nach dem anderen reaktivieren. Vielleicht ist es nur ein bestimmter Effekt, den dein System nicht mag.
Robin