Der HTML-Export ist tatsächlich verbuggt.
Der Export in Mediawiki Markup und in Latex funktioniert beides, was die Formatierung angeht, zerhaut aber die Sonderzeichen. (Falsche Codierung?)
Der Quellcode händelt die einzelnen Zeilen im Piratenpad als Querverweise die embedded werden, ein einfacher Copypastajob aus dem Quelltext um an das HTML-Markup zu kommen hilft also auch nicht weiter.
Wenn du am Piratenpad hängst und keinen Bock hast, auf eine Lösung der Etherpad-Entwickler zu warten, wäre die einzige Lösung ohne händisches Nachformatieren ein Mediawiki-Markup-Export, der wiederum durch ein maßgeschneidertes Programm gejagt wird um die zerhauenen Sonderzeichen wiederherzustellen und das Mediawiki Markup in BBCode umzuwandeln.
Ist nicht ganz trivial (Mediawiki kennt keine Öffnungs- und Schließungstags, so dass das Programm selbst erkennen müsste ob eine Öffnung oder Schließung des Formatierungstags gemeint ist), aber da Piratenpad nur eine Handvoll Formatierungen unterstützt die schnell durchgetestet sind könnte ich mich mal daran in Python versuchen...