Die Föderation ist auch nach dem Brand noch die Föderation (sowohl von den utopischen Idealen, als auch von der Convienience her), allerdings haben sie nach dem Brand massiv an Mitgliedern verloren, weil Starfleet nur noch wenige funktionsfähige Schiffe hatte, und deswegen nicht adequat auf die neuen Bedrohungen in der Galaxie reagieren konnte. Da haben dann einige Planeten (ganz pragmatisch) gesagt "Da machen wir doch lieber Deals mit den neuen Machtblöcken (wie der Andoria/Orion-Allianz), die uns auch tatsächlich beschützen können (auch wenn sie - im Gegensatz zur Föderation- einen Tribut erwarten)".
Trotzdem lässt sich die Föderation von der Situation nicht entmutigen, und versucht weiterhin die Situation in ihrem Sektor der Galaxie zu verbessern, und ein Friedensbündnis aller Völker zu bilden.
Edit: der Zeitsprung erklärt auch, warum die Technik etwas anders ist (wobei es Exocomps auch schon zu TNG-Zeiten gab) und der Stil etwas anders ist (so wie die Enterprise-D wie ein 80er-Fitnessstudio aussah, oder DS9 wie ein Industrial-Rave-Club der 90er, wird hier halt die Ästhetik einer Mall bedient).
IIRC sind die Hauptcharaktere manchmal auch erst runter nach dem das Scout Team verschwunden ist o.ä., Punkt ist aber das auch die Forschungsmissionen halt oft nicht ungefährlich sind.
Wenn man jetzt zu logischem Denken imstande wäre, dann könnte man daraus schließen, dass die Bedrohungen mit denen Starfleet zu tun hat vielleicht eher keine sind, denen man mit körperlicher Fitness beikommen kann, wenn sie regelmäßig Securityleute in der Blüte ihres Lebens dahinraffen, aber den moppeligen Chefingeneur oder den eher intellektuell als körperlich orientierten Captain verschonen. 😉